Bediüzzaman Hazretleri, 1907 yılının sonlarına doğru İslam kardeşliğinin devamı ile medrese eğitiminde büyük bir reform olarak düşündüğü, öncelikle Van’da açılmasını çok hayati bir proje olarak gördüğü Medresetüzzehra’nın tahakkuku için Sultan Abdülhamid başta olmak üzere yetkililerle görüşmek üzere İstanbul’a gitti. Sultan Abdülhamid ile bu karmaşa ortamında görüşme imkânı bulamadı ancak projesini birçok yetkiliye anlattı ve makalelerle anlatmaya çalıştı.

Bu günlerde Payitaht İstanbul, yoğun Meşrutiyet tartışmalarına sahne oluyordu. Bediüzzaman da, Meşrutiyet’in ilanı ile sona eren bu süreci yakından takip ederek, yaptığı konuşmalar ve gazetelerde yazdığı yazılar ile bu sürecin en güzel bir şekilde devam etmesi ve İslam’ın ruhuna tam uygun bir anlayışın hâkim olması için elinden gelen bütün gayretleri gösterdi. Meşrutiyet’in ilanından bir müddet sonra doğu vilayetlerine dönerek, konuyu halka anlatmak için önemli çalışmalar ve seyahatler gerçekleştirdi.

Bu çerçevede Meşrutiyet başta olmak üzere Kürtler arasında yaşanan önemli problemlerin konu edildiği, bölgenin önemli bazı aşiretleri ve âlimleri ile sohbetlerin gerçekleştirildiği bu geziler aylarca sürdü. Soru-cevap şeklinde gerçekleşen bu sohbetleri daha sonraki yıllarda bir araya getirerek; ‘’Azametli-Bahtsız Bir Kıtanın (Asya), Şanlı-Talihsiz Bir Devletin (Osmanlı Devleti) ve Değerli-Sahipsiz Bir Kavmin (Kürtlerin) Reçetesi İttihad-ı İslam’dır’’ açıklamasıyla ve ‘’Münazarat’’ ismi ile neşretti.

Medreselerin kendilerini yenileyememesi ve asrın ihtiyaçlarına tam anlamıyla cevap verememesi üzerine alternatif bir çözüm yolu olarak projelendirdiği Medreseteüzzehra’nın Arapça, Türkçe ve Kürtçe dilleri ile eğitim vermesini ve ileriki zamanlarda Van’ın yanı sıra Bitlis, Siirt ve Diyarbakır gibi vilayetlerde de şubelerinin açılmasının önemli bir ihtiyacı karşılayacağını ve bazı yanlışların önüne geçeceğini vurguladı. Zamanla Üniversite mahiyetindeki Medresetüzzehra’nın diğer illerde de şubeleri açılabilecektir.

Bediüzzaman hayatının sonuna kadar bu önemli projenin gerçekleşmesi için gayret gösterdi, bütün hükümetler nezdinde teşebbüste bulundu, Sultan Abdülhamid ve Sultan Reşad dönemlerinde, Büyük Millet Meclisi’nin ilk yıllarında ve Adnan Menderes hükümeti döneminde bu konuda teşebbüslerde bulundu. Zaman zaman bu projenin gerçekleşmesi için kararlar alındı ve ödenekler ayrıldı, ancak birçok olay ve maninin araya girmesi sonucu bu idealini gerçekleştirme imkânını maalesef elde edemedi.

Bediüzzaman yaptığı geziler ve Şam ziyaretinin ardından yeniden İstanbul’a döndü. Davet üzerine Sultan Reşad’ın 1911 yılının Haziran ayında gerçekleştirdiği Rumeli gezisine Kürt vilayetlerini temsilen katıldı. Burada Medresetüzzehra ile ilgili ısrarlı taleplerini Sultan Reşad’a aktardı. Kosova’da temeli atılan üniversite projesi, Balkan Savaşı ve bu bölgenin işgal edilmesi sonucu iptal edilince, buraya tahsis edilen ödeneğin Medresetüzzehra için kullanılmasına karar verildi. Bediüzzaman Hazretleri 1912 yılının sonlarına doğru yeniden Van’a döndü. Burada Horhor Medresesi ve Erek dağında talebelere dersler vermeye başladı. 1913 yılında Van Gölü’nün kenarında Edremit yakınlarında Medresetüzzehra’nın, Van’daki bütün devlet erkânının katılımı ile temeli atıldı. Ancak bir müddet sonra Birinci Dünya Savaşının başlaması sonucu bu büyük ve hayırlı proje akim kaldı.

Bediüzzaman talebeleri ile birlikte kurduğu Milis Alay Kumandanı olarak Birinci Dünya Savaşına katıldı ve büyük kahramanlıklar gösterdi. Bitlis’in savunması sırasında ayağı kırık bir halde Ruslara esir düştü ve Kostroma esir kampına götürüldü. 2,5 yıl süren esaretin ardından Bolşevik İhtilali sırasında meydana gelen karışıklıktan yararlanarak firar etti ve yaptığı zorlu yolculuğun sonunda Viyana-Sofya yoluyla 1918 yılının Haziran ayında İstanbul’a geldi. Kendisine burada savaş madalyası verildi, Enver Paşa’nın teklifi üzerine ordunun adayı olarak Dar-ül Hikmet-il İslamiye üyeliğine seçildi ve burada da önemli hizmetlerde bulundu.

Büyük Millet Meclisi’nin açılışından bir müddet sonra, 1922 yılının Kasım ayında yapılan ısrarlı davetler üzerine Ankara’ya gitti ve burada resmi ‘’Hoşamedi’’ töreni ile karşılandı. Yapılan bütün teklifleri ve verilmek istenen üst düzey görevleri kabul etmeyerek, yeni uygulamaya konan kanunlar ve devlete egemen olmaya başlayan anlayış ile bir arada çalışamayacağını ve ancak bu anlayış ile manevi yönden mücadele etmenin daha uygun olacağı kanaatine vararak, 1923 yılının ilkbaharında buradan ayrılarak Van’a gitti. Kışları Nurşin Camii’nde, yazları ise Erek dağındaki medresesinde bazı talebelere ders vererek kaderin tecellisini beklemeye başladı.

1925 yılının Şubat ayında meydana gelen Şeyh Said Hadisesinden sonra, gerekli tedbirleri almadığı gerekçesiyle Fethi Okyar hükümeti düşürülmüş, göreve yeni başlayan İsmet İnönü hükümetinin ilk icraatı olarak 4 Mart 1925 tarihinde hükümete olağanüstü yetkiler veren Takrir-i Sükûn Kanunu çıkarılmış, birisi Ankara ve birisi Diyarbakır’da olmak üzere iki adet İstiklal Mahkemesi kurulmuş, büyük bir idam, sürgün ve zulüm furyası başlamıştır.

Diyarbakır İstiklal Mahkemesi tarafından Şeyh Said ve 47 arkadaşı hakkında idam kararı verilmiş ve bu kararlar hemen uygulanmıştır. Şeyh Said Hadisesi bahane edilerek 3 Haziran 1925 tarihinde ülkedeki tek muhalefet partisi olan Terakkiperver Cumhuriyet Fırkası hükümet tarafından kapatılmış ve bu partinin mensupları yargılanmıştır. Bu kapsamda İstiklal Savaşının kahraman kumandanlarından ‘’Şark Fatihi’’ Kazım Karabekir, Rauf Orbay ve Ali Fuat Cebesoy bu dönemde ‘’vatan hainliği’’ suçlamasıyla İstiklal Mahkemesinde yargılanmış ve daha sonraki dönemlerde tamamen etkisiz hale getirilmişlerdir. Aralarında, Tevhid-i Efkâr, Son Telgraf, İstiklâl, Sebilürreşad, Aydınlık, Tanin, Sada-yı Hak ve Vatan’ın da bulunduğu birçok gazete ve dergi de kapatılmıştır.

Dört yıl süren bu Takrir-i Sükûn döneminde, bu kanunun ağır hükümlerinin gölgesi altında, 1925 yılında Şapka Kanunu ile Tekke, Dergâh ve Medreselerin Kapatılmasına Dair Kanun, 1927 yılında Medeni Kanun ve 1928 yılında da Harf İnkılabı Kanunu çıkarılmıştır.